偶尔便秘可以自我治疗。然而，如果长期便秘，应该去看医生。治疗便秘的天然疗法有：
- 纤维 (Fiber) 和水：增加饮食中的纤维含量（如粗粮、水果、蔬菜等）和水的摄入量是治疗慢性便秘的首选方法。另外，还可以通过服用纤维补充剂, 如欧车前果壳 (psyllium husks)、脱苦的胡卢巴种子 (fenugreek)、葡甘露聚糖 (glucomannan) 和亚麻子 (flaxseed) 等。常用的纤维补充剂用量是每天1-3次，每次5-10g，同时饮用至少半升水。刚开始服用纤维补充剂时，剂量可以小些，然后慢慢加量，因为一次性摄入大量的纤维反而会加重便秘。
- 草药：一些草药, 如美鼠李皮 (cascara sagrada)、番泻树 (senna) 和普通沙棘 (common buckthorn), 是缓泻剂，研究已经证明它们对便秘有效。这些草药的作用机理是靠其中的一种蒽醌类化学成分 (anthraquinones) 来刺激结肠壁。如果大量服用这些草药，人体会产生依赖性。另外，如果过量，还会导致钾的大量流失，这对正在服用地高辛族类药物 (digoxin) 的患者尤其不好。
- 中药：传统的中药提供了大量治疗便秘的药方。研究人员对其中一个由大黄和甘草混合而成的药方 (在日本称为Daio-kanzo-to) 进行了研究。这项为期2周的双盲试验将132例便秘患者随机分成三组：安慰剂组、低剂量Daio-kanzo-to组和大剂量Daio-kanzo-to组。结果显示，大剂量Daio-kanzo-to组能显著改善便秘，而小剂量组则未发现疗效。
- 益生菌 (Probiotics)：有些证据显示：单独服用益生菌或和益生元（促进益生菌生长的营养元素）联用可以改善便秘。例如，266例便秘妇女每天两次饮用含有双歧杆菌 (一种益生菌) 和果糖寡糖 (一种益生元) 的酸奶，持续2周，结果要比饮用普通酸奶的妇女明显改善便秘。另外一项为期6周、对274例以便秘为主要症状的肠易激综合征患者的双盲研究发现，给予含有双歧杆菌的益生菌配方能明显改善患者不适，增加排便次数。
- 心理因素：心理方面对便秘的影响同样也需要考虑。解决慢性便秘的部分关键就是减少患者对这个问题的担忧和焦虑。便秘的确不是件愉快的事情，但是还没到达“邪恶” 的程度。少想一点，倒是可能会有帮助。
