膀胱是一个中空的球形器官，用来储存尿液。正常情况下，膀胱在充盈后会扩张，然后通过盆腔神经向大脑发出 “尿满” 信号，大脑在收到信号后随即产生尿意。倘若患有间质性膀胱炎，这些信号会变得有点混乱。膀胱在没有被充盈时就可能会发出“尿满”信号，以至频频出现尿意，虽然尿量很少。
许多患有间质性膀胱炎的人同时伴有膀胱上皮 (保护性上皮) 的缺损。这种缺损会使得膀胱壁容易受到尿液中的毒性物质的刺激。
(左：轻度间质性膀胱炎； 中：中度； 右：重度)
另外，自身免疫反应、遗传、感染或者过敏反应也可能是间质性膀胱炎的发病原因，但目前还没有确凿的证据。
风险因素
下列因素可升高间质性膀胱炎的发病风险：
- 性别：成年女性患上间质性膀胱炎的机率要远超过男性及儿童。虽然男性也经常出现类似于间质性膀胱炎的症状，但这大多数是因为前列腺发炎引起的。
- 年龄：间质性膀胱炎多见于30-40岁的人群。
- 其它慢性疾病：间质性膀胱炎的发病与其它一些慢性疼痛综合症有关，比如肠易激综合症和纤维肌痛。