由于食物不耐受引起的一些症状和食物过敏的症状相同 (如反胃恶心、呕吐、筋挛和腹泻)，因此很多人常常会把这两者搞混。事实上，食物不耐受和你的免疫系统或释放的组胺没有关系，它不是真正的食物过敏。如果你对某一食物不耐受，你可能少吃一点而不会有任何不良反应。但是如果你对该食物过敏，即使是很微小的一点也能引起食物过敏反应。
诊断食物过敏的一个棘手的问题是：一些人对食物本身不过敏，而是对食物添加剂中的某种物质或成分过敏。例如，亚硫酸盐防腐剂可能对有些 “敏感” 的人引发哮喘。
常见的 “非过敏性” 食物不良反应包括：
- 缺少消化食物所必需的酶： 你可能没有足够量的用于消化某些食物的酶。例如，乳糖分解酶缺少会导致你难以消化奶制品中的乳糖。这种对乳糖的不耐受可能引起腹胀、筋挛、腹泻和胀气。
- 肠应激综合症： 一些食物可能引起肠应激综合症症状，导致痉挛、便秘或腹泻。
- 食物中毒： 有时食物中毒和过敏反应的症状相同。例如，有一些种类的蘑菇是有毒的，变质的金枪鱼和其它鱼中含有的细菌也能产生毒素并引发有害反应。
- 心理因素： 有些人一想到一种食物就可能感到恶心，其原因还没有完全明白。
