对于平时身体状况良好的患者，抗生素是治疗肾盂肾炎的首选。通常，治疗几天后，症状就开始消失。但治疗还需持续一周甚至更长。应根据医生的建议，完整治疗一个疗程，确保肾盂肾炎完全治愈。

一些潜在的疾病 (比如泌尿系统结构畸形) 会导致肾盂肾炎的反复发生。如果是这种情况，则需要手术修复。对于严重的肾盂肾炎，需住院治疗，必要时须静脉滴注抗生素。