对于比较轻微的病例，主要的治疗手段是多休息和健康饮食 (包括多喝水)，以帮助免疫系统对抗病毒。如果有头痛和发热症状，可以考虑使用对乙酰氨基酚来缓解。如果颅内出现肿胀和有压力，可以服用一些抗炎药物。如果有癫痫发作，你可能需要服用抗惊厥药物。另外，你有时还可能需要进行物理治疗和语言治疗来帮助康复。
一般来说，脑炎比较难以治疗，这是因为药物对于引起脑炎的病毒大多没有什么作用。但是，有些病毒，特别是单纯疱疹病毒和水痘－带状疱疹病毒，可以使用抗病毒药物 (比如阿昔洛韦等) 来进行有效治疗。另外一种有效的抗病毒药是更昔洛韦。