目前对多囊性肾病引起的囊胞本身无法治愈。如果这些囊胞正在引发症状，那么医生可以对这些症状进行治疗，从而使患者感觉舒服一些。对这些症状的治疗包括：
- 高血压： 控制高血压可以延缓疾病的进程并减缓肾脏的进一步损害。饮食要低盐、低脂肪，蛋白质和热量摄入适中，戒烟，增加锻炼，以及减少精神压力，这样有助于控制高血压。一种称作血管紧张素转化酶 (ACE) 抑制剂的药物常用来控制多囊性肾病人群的高血压问题。
- 疼痛： 通常患者有轻微的疼痛，如果有必要，可以使用含有乙酰氨基酚的止痛药。
- 膀胱或肾脏感染： 有这种情况时，应及时使用抗生素对感染进行治疗，以免肾脏受损。
- 血尿： 一旦发现尿液中含血时，你应该马上多喝水来稀释尿液，这样有助于防止血液凝结堵塞尿道。卧床休息也有助于减少出血。
- 肾功能衰竭： 如果肾脏失去排出血液中废弃物和多余液体的能力时，你最终可能需要做肾透析或者进行肾脏移植。
- 肝脏囊肿： 如果出现这种情况，医生可能会建议对囊肿进行引流 (在囊胞不是太多的情况下)、部分肝脏切除，甚至是肝脏移植。这时如果你正在使用激素替代疗法治疗其它疾病的话，应该停止使用，换用别的方法。
- 动脉瘤： 如果你患有多囊性肾病并且有颅内动脉瘤破裂家族病史，你的医生可能会建议你对颅内动脉瘤进行定期的监测。一旦发现动脉瘤，根据其大小可以选择手术切除，以减少出血性中风的风险。如果动脉瘤很小，则不一定采取手术疗法，你可以通过控制高血压、高胆固醇和戒烟来控制。
- 手术： 采用手术治疗肾脏囊胞非常罕见。不过当肾脏囊胞引起其它器官或血管堵塞，或者造成严重持久的疼痛时，可能需要通过手术来引流或切除囊胞。
