溃疡性结肠炎一般通过药物或手术这两种方法进行治疗。目前有几种不同类型的药物可以使用，但它们的疗效因人而异，即对其他患者有效的药物对你不一定有效果。因此，你可能需要化一段时间，试试不同的药物，才能找到对你有用的那一种。另外，有些药物有严重的副作用，因此你在使用前需要权衡利弊。
消炎药
消炎药物往往作为炎症性肠病的起始治疗。常用的消炎药包括：
- 柳氮磺胺比啶：这种药物可以有效缓解溃疡性结肠炎的症状，但它有很多副作用，包括恶心、呕吐、腹泻、胃灼热、和头痛。另外，如果你对磺胺类药物过敏，请不要服用这种药物。
- 美沙拉嗪、巴柳氮和奥沙拉嗪：相对而言，这些药物的副作用似乎比柳氮磺胺比啶要少一些。美沙拉嗪对 90% 以上的轻度溃疡性结肠炎患者都有效。如果患的是溃疡性直肠炎，联合使用美沙拉嗪口服药和直肠栓剂的效果更好。对于左半结肠炎，如果病情不太严重的话，联合使用美沙拉嗪口服药和灌肠比单独使用的效果要好。
- 皮质类固醇：这类药物可以帮助降低炎症，但它们有许多副作用，包括体重增加、面部毛发增多、高血压、糖尿病、骨质疏松症和容易感染。因此皮质类固醇通常只用于那些对其它药物治疗无效，而且又比较严重的炎症性肠病。为了防止副作用，皮质类固醇不建议长期使用，疗程一般控制在3-4个月左右。
免疫抑制剂
这类药物也可以降低炎症，但它们的作用是抑制整个免疫系统，而不是特别针对炎症本身。当然，如果整个免疫系统受到了抑制，炎症反应也自然会降低。以下是常用的一些免疫抑制药物，它们都有潜在的严重副作用，包括过敏性反应、感染、脏器损伤和增加癌症的风险，因此在使用前你应该与医生讨论一下，权衡利弊。
- 硫唑嘌呤和巯嘌呤：这类药物的起效比较慢，一般需要使用3个月或更长的时间才能起作用，因此，医生有时会联合皮质类固醇一起使用 (后者的起效比较快一点)。
- 环孢素：这种威力强大的药物通常只用于那些对其它药物治疗无效，或者病情过于严重，正在等待手术治疗的患者。在某些情况下 (比如你过于虚弱，一时还无法承受手术)，医生可能会使用环孢素来延迟手术，直到你的身体变得足够强壮为止。另外，医生也可能会短时间使用环孢素来暂时控制症状，直到那些毒性较低但起效较慢的药物起作用为止。环孢素一般在服用一两个星期后就会起效。
- Infliximab：它是一种抗体，通常只用于那些对其它药物治疗没有效果，或受不了其它药物治疗的严重溃疡性结肠炎患者。它的作用原理是阻断肿瘤坏死因子 (TNF)。TNF是一种由免疫系统产生的蛋白质，会引起一系列的炎症反应。
尼古丁贴片
这种常用于戒烟的尼古丁贴片似乎可以暂时缓解某些轻度的溃疡性结肠炎。目前还不是非常清楚它究竟是如何起作用的。
其它药物
取决于溃疡性结肠炎的严重程度和症状，医生可能还会建议其它的一些药物治疗，包括：
- 抗生素：如果溃疡性结肠炎患者还出现了发烧症状，医生可能会给予抗生素治疗，以帮助预防或控制感染。
- 抗腹泻药物：如果你有不太严重的腹泻症状，可以试试服用一些纤维补充剂 (比如洋车前子纤维粉或甲基纤维素) 来让大便干燥一点。对于更加严重的腹泻，可以考虑服用易蒙停。不过，使用任何的抗腹泻药物都应该非常谨慎，因为它们会增加毒性巨结肠的风险。
- 止痛药：如果有轻度的疼痛症状，医生可能会建议服用对乙酰氨基酚来止痛。值得指出的是，不要使用非甾体抗炎药 (比如阿司匹林、布洛芬或萘普生) 来止痛，因为它们可能反而会使你的症状恶化。
- 铁补充剂：如果你有慢性肠道出血，可能会引起缺铁性贫血。在这种情况下，你可以通过服用铁补充剂来帮助恢复正常的铁质水平，避免这种类型的贫血。
手术
如果通过饮食和生活方式的改变、药物或其它治疗都无法缓解病情的话，医生可能会建议手术治疗。手术通常可以消除溃疡性结肠炎，但是，这往往意味着你的结肠或直肠需要被切除，然后，医生在你的切除末端做一个小袋，将它直接连接到你的肛门或腹部来帮助排泄废物。由于没有结肠来吸收水分，你在结直肠切除手术后，一般会出现更加频繁的稀软大便。大约有25-40% 的溃疡性结肠炎患者最终需要手术治疗。