目前还没有一项简单的治疗方法能够彻底消除间质性膀胱炎的症状，而且每种治疗方法的疗效也因人而异。因此，你往往需要尝试多种方法或将几种方法联用，以找到对自己有效的那种。
口服药物治疗
可能有助于缓解间质性膀胱炎症状的口服药物包括：
- 布洛芬及其它非甾体类抗炎药：它们有缓解疼痛的作用。
- 三环类抗抑郁药：如阿米替林或丙咪嗪，它们能帮助舒张膀胱及阻止疼痛。
- 抗组胺药：如苯海拉明及氯雷他定，它们有助于缓解尿频、尿急及其它症状。
另外，医生还可能会建议你口服戊聚糖。目前对这种该药的作用机制还不是很清楚，但它能帮助修复膀胱内皮，保护膀胱壁免受尿液的刺激。戊聚糖的起效比较慢，可能需要服用2-4个月后疼痛才开始缓解，长达6个月后尿频的症状才得到改善。其副反应主要包括轻度的胃肠道不适以及脱发，这些副作用在停药后会消失。如果你怀有身孕或计划怀孕，服药前一定要提前告诉医生。
神经刺激
经皮电神经刺激 (TENS) 利用微小电脉冲来缓解盆腔痛 (见下图)。它甚至还能缓解尿频。在使用时，医生将电线放置在你的下背部或阴部上方 (也有可能放置在女性阴道或男性直肠中)。每次脉冲刺激的时间从数分钟到数小时不等，一天2次或以上 (时间和次数主要根据疗效来调整)。
医学专家认为，TENS 主要是通过增加膀胱的血流、加强膀胱肌肉收缩、以及触发释放疼痛阻滞因子，来缓解间质性膀胱炎的疼痛及尿频症状。
另外一种神经刺激治疗方法是骶神经刺激 (见下图)。骶神经是连接脊髓和膀胱神经的重要通路。通过对骶神经的刺激，可减轻间质性膀胱炎所引起的尿急感。在进行这种治疗时，医生需将一根细的电线放置在骶神经旁，通过这根电线传导电刺激至膀胱。如经刺激后症状可明显减轻，医生可通过手术在你身上植入一个永久性的骶神经刺激装置。
膀胱扩张
有些病人发现在做完膀胱镜扩张检查后 (即使用水或气体使膀胱扩张)，症状可得以暂时的缓解。如果症状缓解持续的时间较长，可考虑重复进行膀胱扩张，作为一种治疗手段。
膀胱内直接进行药物灌注
在对膀胱进行直接灌注治疗时，医生需要经尿道插入一根细小柔韧的导管，然后将药物通过导管灌入膀胱。常用的灌注药物是二甲亚砜 (DMSO)，但也可混合其它药物如局部麻醉药，一起灌入膀胱。医生一般会让药物在膀胱内作用15分钟左右，然后将尿液排出。这种治疗可减轻膀胱炎症，以及预防可引起尿频、尿急和尿痛的膀胱肌肉收缩。
在使用二甲亚砜进行膀胱灌注治疗的初始阶段，一般每周一次，做6到8周。然后每2周一次作为维持性治疗，历时可长达一年。由于二甲亚砜可能会影响肝脏功能，因此医生需要对你进行定期的血液化验来监测肝功能变化。对有些人来说，这项治疗会引起疼痛，甚至可加重症状。如果你出现这种情况，应告知医生，改选其它治疗方法。
目前有一种新的膀胱灌注方法，是将肝素、利多卡因以及碳酸氢钠三种药物一起灌入膀胱中。临床实验显示，这种灌注治疗可显著缓解大多数间质性膀胱炎患者的尿痛和尿急感。
手术
医生很少使用手术来治疗间质性膀胱炎，这是因为切除部分或全部的膀胱并不能缓解疼痛，甚至还会带来其它的并发症。因此，只有那些有严重疼痛或是膀胱储尿容量很小的患者才建议考虑手术治疗，即使如此，也应该先使用其它治疗方法，直到真的没有效果后才进行手术治疗。
可用的手术方法包括：
- 膀胱扩大术：在这种手术中，医生切除膀胱受损部分，随后取一些结肠来扩大和补上膀胱。
- 电灼治疗：这是一种微创的治疗方法。医生经尿道插入小器械，烧灼膀胱壁上伴发的溃疡。
- 切除术：这也是一种微创治疗，医生经尿道插入小手术器械，切除溃疡组织。
虽然膀胱扩大术可以增加膀胱容量，但手术后疼痛仍可继续存在，而且一些女性患者在手术后可能需要通过一天几次的导尿来排空膀胱。电灼及切除治疗也并非总是有效的，有时甚至会加重症状。