很多时候，贝克氏囊肿不经治疗也会自行消失。如果囊肿很大而且疼痛比较严重，医生可能会采取以下方法对贝克氏囊肿进行直接治疗：
- 理疗： 冰敷、拄拐或把膝部包紧可减少疼痛和肿胀。适度的关节活动以及对膝关节周围的肌肉进行适当的增力训练也有助于减轻症状并保留膝关节功能。
- 液体引流： 医生可使用细针从膝关节引流液体，这种手术称为 “细针抽吸术”，它通常是在超声图像的引导帮助下进行的。
- 药物治疗： 医生可在患者的膝部直接注射一种叫皮质类固醇的药物 (如考的松)，以减轻炎症。这种药物治疗可以缓解疼痛，但往往不能预防囊肿的复发。
除了上述的直接治疗以外，实际上医生通常会更倾向于治疗潜在的病因而不是贝克氏囊肿本身。比如，当确诊是软骨受损导致了关节液的过量产生，医生可能会建议通过手术来切除或修补受损的软骨。软骨治愈后，囊肿往往也就自然消失了。
在某些情况下，特别是患有骨关节炎的病人，即使医生在治疗潜在的病因之后，囊肿也可能不会消失。如果囊肿没有好转，继续造成疼痛且妨碍膝盖的弯曲，或者尽管已经施行了抽吸术，囊肿里的液体仍然影响膝关节功能的话，患者可能需要评估是否要通过手术来去除囊肿。