脓疱疮本身一般并不危险，但是有时会引起一些严重的并发症 (虽然这种情况比较罕见)。可能的并发症包括：
- 肾小球肾炎：这种肾脏的炎症可能会在链球菌性咽炎或脓疱疮等链球菌感染后发生。其原因是当链球菌感染后，体内会产生抗体，这些抗体会损害肾脏中负责过滤废物的肾小球。尽管大部分肾小球肾炎患者经治疗后都会痊愈，但有一部分患者可能进展为慢性肾脏衰竭。肾小球肾炎的症状一般在感染发生2周以后出现，可能的症状包括面部 (特别是眼睛周围) 发生水肿，以及尿量减少、血尿、高血压、关节僵硬或疼痛等。这种因链球菌感染引起的肾小球肾炎最容易发生在6-10岁的儿童身上。如果发生在成人身上，症状一般要比儿童更严重，并且更不容易完全恢复。尽管抗生素可以治愈链球菌感染，却无法预防这种并发症。
- 蜂窝组织炎：这种潜在的严重感染会影响你的皮下组织，最后可能传播到淋巴结和进入血流。如果不治疗，蜂窝组织炎可以很快威胁生命。
- 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 (MRSA) 感染：MRSA是一种对大多数抗生素有耐药性的金黄色葡萄球菌。它可以引起严重的皮肤感染，并且由于有抗药性，治疗非常困难。这种皮肤感染最初的症状可能包括红色、肿胀的脓疱，可以排出脓液。MRSA 还可能导致肺炎或血液感染。
另外，脓疱疮在治愈后可能会留下瘢痕以及皮肤颜色的改变 (包括色素减退或色素沉着)。