呼吸道合胞体病毒感染的并发症包括：
- 住院治疗： 当呼吸道合胞体病毒感染病情严重时，可能需要住院，以便更好地监护，进行静脉输液以及接受其它相关治疗。大部分需要住院治疗的患者多是年龄在6个月以内的婴儿，早产儿或患有先天性心脏或肺部疾病的婴儿。
- 肺炎或细支气管炎： 当呼吸道合胞体病毒从你的上呼吸道逐渐蔓延到下呼吸道时，就可能会发生肺炎或细支气管炎。这些并发症在新生儿，年龄较小的儿童以及存在免疫功能缺陷的患者，或是患有慢性心脏或肺部疾病的患者中可能会相当严重。
- 中耳炎： 当病原体侵润至鼓膜时，就可能引起中耳炎。此并发症在新生儿和年龄较小的儿童中较为常见。
- 哮喘： 严重的呼吸道合胞体病毒感染可能会增加以后患上哮喘的风险。
- 反复感染： 如果你感染过呼吸道合胞体病毒，那么此后通常会以普通感冒的形式反复出现。多数情况下，再次感染时的病情并不会很严重，但对于老年人或是患有慢性心脏或肺部疾病的人来说，则可能会有较为严重的后果。