通常，志贺氏菌感染后会痊愈，不会出现并发症，尽管恢复正常的大便习惯可能需要几周甚至几个月的时间。然而，如果出现严重脱水而不治疗，可能会引起休克，甚至死亡。其中，有慢性病基础的患者和2岁以下的患儿风险最大。
另外，感染志贺氏菌后，尤其是小孩，还可能出现以下的并发症：
- 惊厥： 有些同时还发高烧的志贺氏菌感染患儿可能出现惊厥。目前还不清楚这种惊厥是因高热引起的呢，还是志贺氏菌感染本身所致。如果你的孩子出现惊厥，请去医院就诊。在绝大多数情况下，惊厥持续时间短暂。但若超过5分钟或伴有呕吐、呼吸困难、极度睡意，请紧急就诊。
- 直肠炎： 志贺氏菌感染也是导致直肠粘膜发炎的一种病因。
- 直肠脱垂： 感染后因排便用力，可能引起直肠粘膜向下移动，甚至脱出肛门。
- 溶血尿毒综合征： 这是一种比较罕见的志贺氏菌感染并发症，通常见于大肠埃希菌 (O157：H7) 感染后，通常表现为血色素下降 (溶血性贫血)、血小板减少和急性肾功能衰竭。
- 中毒性巨结肠： 如果结肠因志贺氏菌感染而出现麻痹，使得无法大便和排气时，可能会引起比较罕见的中毒性巨结肠。它的症状包括腹痛、腹胀、发热、虚弱，还可能出现神志不清，定向力减弱。如果不治疗，可能导致结肠穿孔破裂，继发致命性的腹膜炎，因此中毒性巨结肠需要急诊手术治疗。
- 莱特尔综合征： 如果你感染了B亚群志贺氏菌，而且带有某种遗传基因，那么还可能并发莱特尔综合征。莱特尔综合征是一种因感染而诱发的反应性关节炎。主要表现为关节疼痛和炎症反应，通常累及膝关节、踝关节、足部和髋部。症状还可能包括结膜炎 (单眼或双眼发红、瘙痒、分泌物) 和尿痛 (尿道炎)。