衣原体感染与某些疾病有关联，甚至可能引发这些疾病的发生，包括：
- 艾滋病毒 (HIV) 感染： 衣原体感染的女性患者，其感染艾滋病毒的风险要比没有衣原体感染的女性高。
- 其他性病： 衣原体感染的患者同时也是其它性病 (例如淋病和梅毒) 的易感人群。因此如果你有衣原体感染，医生可能会建议你进行其它性病的检查。
- 盆腔炎性疾病 (PID)： 盆腔炎性疾病是一种发生在子宫与输卵管上的感染性疾病。虽然这种疾病可能不会引起任何的临床症状，但它可累及输卵管、卵巢、子宫、甚至宫颈。如果不进行治疗，久而久之，盆腔炎性疾病可发展为输卵管或卵巢脓肿。
- 慢性盆腔疼痛： 衣原体感染的女性患者如果不接受治疗，有可能会导致慢性盆腔疼痛。
- 不孕： 由于衣原体感染可累及输卵管，情况严重时可导致输卵管出现瘢痕，进而可能引起女性患者无法怀孕。
- 附睾炎： 衣原体感染可能会累及附睾 (它是睾丸旁边的卷曲的管状结构)。附睾炎的临床症状包括发热、阴囊痛和阴囊肿胀。
- 前列腺炎： 衣原体感染有可能会蔓延至前列腺，引起前列腺炎。前列腺炎的临床症状包括发热、寒战、排尿疼痛、腰背部疼痛、以及在性交过程和性交后出现疼痛。
- 直肠炎症： 如果您有肛交行为，那么衣原体感染可能会累及直肠，导致直肠发炎。其临床症状包括直肠疼痛以及肛门出现粘性分泌物。
- 眼部感染： 如果您的手因接触生殖器而沾上了沙眼衣原体，那么在揉眼睛时可能引起眼部感染 (例如红眼病或结膜炎)。如不接受治疗，结膜炎严重时可能导致失明。
- 新生儿感染： 患有衣原体感染的孕妇在分娩过程中可能将衣原体经阴道传染给新生儿，这可导致新生儿肺部感染或致盲性的眼部感染。
