尽管根据结肠息肉的类型可以大致断定其发生癌变风险的高低，但要确定某个息肉是否已经发生恶性病变，病理学家还是需要在显微镜下进行单独检查。因此，为了保险起见，医生往往会尽量切除在肠道检查中发现的所有息肉。
大部分的结肠息肉可以在进行结肠镜或乙状结肠镜检查时切除。一个常用的方法是用一个线圈切下息肉的柄，同时灼烧伤口防止出血。有些小的息肉可以用电流直接烧灼掉。息肉切除术的主要风险是可能发生出血和结肠壁穿孔。
如果息肉太大或者生长的位置无法触及，即不能使用上述方法进行完整而安全地切除，这时可以考虑使用腹腔镜手术来切除。在进行腹腔镜手术时，医生在病人的腹壁上切几个小口，然后利用腹腔镜上的摄像装置在电视监视器上显示结肠来指导手术。腹腔镜手术比那种传统的、在腹壁上开一个大口手术恢复得更快、痛苦也更小。息肉在切除后一般不会在原处再发，但是不能保证在结肠的其他部位长出新的息肉。因此，手术后进行随访检查是非常重要的。
在一些罕见的遗传性综合征病例中，比如FAP，你的医生可能需要切除你的全部结肠和直肠 (称为全结肠直肠切除术)，然后进行回肠贮袋肛管吻合术将你小肠末端 (回肠) 直接连接着肛门。这样你就还能正常地排便，但是由于失去了大肠的水分再吸收功能，你可能在一天内会有几次水样大便。