受精卵在子宫外是不能够正常发育的。为了避免发生致命性的并发症，这些异位增生的组织必须被去除掉。
如果异位妊娠在早期被发现的话，注射药物甲氨喋呤可以阻止细胞的进一步生长并且杀死已经存在的细胞。在第一次注射甲氨喋呤后，医生会监测你的血液中人绒毛膜促性腺激素 (HCG) 的水平。如果 HCG 水平仍然很高的话，你可能需要再次注射甲氨喋呤。
如果你的异位妊娠对甲氨喋呤无反应或者你不能使用甲氨喋呤，你可能需要进行腹腔镜手术。在腹腔镜手术中，医生在你的下腹部切一个小口，插入腹腔镜 (一个会发光的内有摄像头的细管) 来观察异位妊娠区域，并在它的帮助下去除异位组织和修补输卵管。
如果输卵管的损伤比较严重的话，也可能需要将其切除 (一般来说，破裂的输卵管很难修补，必须切除)。如果异位妊娠引起了严重的出血或者输卵管发生了破裂，你可能需要通过腹部切口进行急诊手术 (即剖腹探查术)。对于一小部分患者，在手术后还需要注射甲氨喋呤进行进一步治疗。
在很多情况下，异位妊娠后还是有可能进行正常妊娠的。即使一侧输卵管受损或者被切除，卵子还可以在另一侧输卵管受精。如果两侧输卵管都受损或者被切除的话，体外受精可能是一个选择，即将成熟的卵子在体外 (实验室中) 受精，然后再植入子宫。