在诊断是否是附睾炎时，医生一般会先对病人进行身体检查，主要查看腹股沟区的淋巴结是否肿大，患侧的睾丸是否增大。然后进行直肠指检以明确是否有前列腺增大和触痛，以及进行血液和尿液检查以明确有无感染或其他异常。另外，医生可能还会安排如下的检查：
- 性病筛查：这需要从尿路分泌物中采取样本，即通过阴茎口插入一根很细的拭子以获取样本，然后检查样本中是否有细菌或其他传染性病原体。检查结果可以帮助医生选择最有效的抗生素。
- 超声影像检查：这项无创性检查利用高频声波使体内结构成像，可用于排除精索扭曲 (睾丸扭转) 或睾丸肿瘤等疾病。这项检查尤其适用于诊断那些突发性的睾丸剧痛症状。如果超声影像显示睾丸血供增多 (如下图)，则基本可以确定是附睾炎而不是其它疾病。
- 睾丸核素扫描：它也被用于排除是否发生了睾丸扭转。这项检查需要先向血管内注射示踪量放射性物质，然后通过特殊的仪器来检测睾丸部位的血流量。若发现血流量减少，则提示可能发生了睾丸扭转；反之，若血流量增多，则提示是患了附睾炎。
