由感染 (性传播疾病或其它感染) 所导致的附睾炎一般通过服用抗生素来治疗。在治疗前，医生需要知道你目前正在服用的其它药物和你对哪些药物过敏，这些信息以及感染的类型有助于医生确定最佳的治疗方案 (即使用何种抗生素效果最好)。
在治疗2-3天后，即使你的症状明显好转，也务必服用完整个疗程的抗生素。在按疗程服用完药物后，最好去医生那里随诊，以确认炎症被完全清除。如果经过几天时间服药后症状并没有改善，你应到医院复诊。
多数情况下，症状会在服用抗生素数天后开始缓解。如果你的症状没有如期好转，医生可能需要换用其它抗生素。如果症状持续无改善，医生可能会做进一步的检查，以明确你的附睾炎是真的由细菌感染或性传播疾病引起的，还是由其它病因所致。
如果有脓肿形成，通常需要切开引流，有时还需要手术切除部分或全部的附睾。如果附睾炎是由于潜在的身体缺陷或结核病所造成的，有时需要进行手术治疗。
如果附睾炎是因性传播疾病引起的，性伴侣也需要同时治疗，否则你可能会再次接触并感染上这种性传播疾病。安全性行为 (如固定性伴侣和使用安全套) 能有效减少性传播疾病导致的附睾炎。
