HSV 感染经常没有症状，或者是症状很轻微，以致不被注意，因此大多数已经被感染的人不知道自己被感染了。通常，第一次发作时的症状往往是最重的。有些人之后就不再发作；而另外一些人在第一次发作后，病程可持续40年之久。
如果HSV 感染出现症状，常见的包括：
- 在生殖器、肛门及其周围出现红色隆起的小水泡或溃疡；
- 生殖器、臀部、大腿内侧等部位出现疼痛和瘙痒；
生殖器疱疹的最初症状通常出现在和被 HSV 感染的性伴侣接触后的几周内，先是疼痛或瘙痒；几天之后可能出现红色隆起的小水泡；然后水泡破裂变成溃疡，出现渗液或出血；最后溃疡结痂愈合。
女性患者通常在阴道、外生殖器、臀部、肛门或宫颈等部位出现疼痛；而男性患者好发部位为阴茎、阴囊、臀部、肛门、大腿根部或尿道。一旦发生溃疡，就可能出现尿痛、生殖器部位疼痛和触痛，直至感染愈合为止。在第一次发作期间，可能还会出现流感样症状，如头痛、肌肉疼痛、发热，腹股沟区淋巴结肿大等。
生殖器疱疹患者的病情并不完全相同。有些人一年内会频繁复发，但对于很多人来说，时间一长，复发率就会降低。诱发的因素有很多，包括：
- 精神压力大；
- 月经；
- 免疫系统受抑制，如服用类固醇等药物、化疗、感染 HIV/AIDS 等；
- 患病；
- 手术；
- 生殖器部位受到摩擦，如性生活太激烈；
- 疲劳；
- 有些情况，即使患者没有皮损，其身上潜伏的 HSV 也可以是活动的，具有传染性。