川崎病是儿童患上获得性心脏病的主要原因。大约五分之一的川崎病患儿会出现心脏并发症，不过在适当治疗后，绝大多数不会遗留永久性的损害。

川崎病可能引起的一些心脏并发症包括：

  • 心肌炎。
  • 心瓣膜病变 (二尖瓣反流)。
  • 心律失常。
  • 血管炎 (通常累及冠状动脉)。

上述的任何一种并发症都可能引起儿童心脏功能受损。比如冠状动脉的炎症可导致动脉壁变弱、彭出而形成动脉瘤 (见下图所示)。动脉瘤会增加血栓形成的风险。一旦形成血栓，可能会造成动脉阻塞，引起心脏病发作或者致命性的内出血。

动脉瘤

对于少部分出现冠状动脉病变的患儿而言，川崎病是可以致命的 (即使进行治疗)。