直肠炎的治疗取决于病因：
感染性直肠炎
对于感染性直肠炎，医生根据不同的病原体感染，给予不同的药物来清除：
- 抗生素： 对于细菌引起的直肠炎，根据感染病菌的种类，医生会选择不同的抗生素。对于因服用抗生素而引起的直肠炎，则给予甲硝唑或万古霉素来杀灭肠道里滋生的有害细菌；
- 抗病毒药物： 对于病毒性性病引起的直肠炎 (比如与疱疹有关的直肠炎)，医生可能会给予抗病毒药物，如阿昔洛韦。如果在发病48小时内服用，抗病毒药物可以减轻疼痛、缩短病程。
放射性直肠炎
因其它疾病而对盆腔部位进行的放疗常常会引起直肠炎，称为放射性直肠炎，它也是最常见的非感染性直肠炎。这种直肠炎的症状较轻，一般不需要治疗。然而，如果病情比较严重，尤其出现了直肠出血，则需进行下列治疗：
- 补充铁剂： 结肠炎导致的慢性出血可能会引起缺铁性贫血，因此需要补铁。如果服用铁元素补充剂后仍贫血，则可能需要进行下面介绍的粘膜烧灼治疗；
- 粘膜烧灼 (ablation therapy)： 即通过破坏异常出血组织来改善直肠炎症状。用于治疗结肠炎的粘膜烧灼方法包括激光燒灼和氬氣電漿燒灼。激光烧灼是运用热光束烧灼病灶；而氬氣電漿燒灼则是使用伴有电流的氩气喷射至病灶处进行去除。
炎症性肠病引起的直肠炎
因克罗恩病或溃疡性结肠炎引起的直肠炎一般需要治疗潜在的疾病。治疗的目标是减少炎症反应，常用手段包括：
- 抗炎药物： 医生可能会让你服用糖皮质激素或其他抗炎症药物，如柳氮磺胺吡啶或美沙拉嗪。医生有时也可能建议激素栓剂或灌肠剂来减少直肠炎症。
- 止泻： 如果你有腹泻，医生可能会让你服用纤维补充剂，如欧车前粉剂或甲基纤维素，使得粪便不至于太稀。医生还可能会建议你服用洛哌啶，或地芬诺酯和阿托品的复方剂。但是，这些药物可能会引起严重的副作用，如结肠扩张和穿孔，尤其是长期服用或大剂量服用时。
- 手术： 如果药物治疗不能缓解症状，医生可能会建议你通过手术来切除病灶的肠段。
自我护理
下面的自我护理措施可以暂时缓解轻度的疼痛和炎症反应：
- 每天用温水泡几次澡；
- 使用温水坐浴： 这种坐浴器可以直接放在马桶上，很方便。
- 服用非处方止痛药： 对乙酰氨基酚、阿司匹林、布洛芬等都可以帮助你缓解不适。不过，如果你有结肠炎，阿司匹林、布洛芬等止痛剂可能会加重病情，因此，服用前最好咨询一下医生。