身体任何部位的感染都可能导致化脓性关节炎，如上呼吸道感染或泌尿道感染，可通过血流播散到关节。另外，刺伤、药物注射或关节附近的手术也可将细菌带入关节，但较少见。
关节内衬的滑膜组织几乎没有保护自己免受感染的能力。一旦细菌到达滑膜，它们能轻易侵入滑膜，并开始破坏关节软骨。机体对侵入关节的细菌所作出的自然反应可引起关节周围炎症，增加关节的压力，减少关节的血流，进而导致关节的损害。
细菌类型
很多种细菌可导致化脓性关节炎。其中最常见的类型是金黄色葡萄球菌，其通常寄宿于皮肤和鼻腔内。
在过去，化脓性关节炎常常由导致淋病 (一种性传播疾病) 的细菌所致。目前，由于安全性行为的普及，已使淋病及其并发症有所减少，包括化脓性关节炎。然而，在较年轻的性活跃人群中，淋病仍是化脓性关节炎的潜在病因。
化脓性关节炎的其他感染因素
细菌只是关节感染的病原之一。病毒也能攻击关节，然而这种情况通常可自行好转，也较少引起关节损害。在少见的病例中，关节感染可由真菌引起。另一种关节炎是反应性关节炎，在这种病例中，关节本身未被感染，而是由于身体其他部位的感染而导致关节疼痛。