治疗化脓性关节炎主要依靠抗生素和关节引流。
抗生素
治疗前，医生需要先明确引起感染的细菌类型，然后选择针对性的抗生素来治疗这种细菌。抗生素治疗一般先通过手臂上的静脉给药，在一些患者中，可随后过渡为口服给药。抗生素的疗程取决于你的健康情况，感染细菌的类型及感染的程度。治疗通常需要 2-6 周。
关节引流
除去被感染关节的滑液有3个目的：一是除去关节内的细菌，二是减小关节腔内的压力，三是提取标本供医生检验是否有细菌或其它病原体。关节镜手术是最常见的去除关节液的方法。手术中，医生通过关节周围小的切口，将微型照相机和特殊的外科工具插入关节腔，然后引流关节周围的液体。在有些病例中，医生可能会使用细针来进行关节穿刺，以去除滑液。
医生可能会重复进行关节穿刺，一般每天做一次，直到抽出液中没有细菌为止。髋关节因为比较深，很难进行穿刺，因此往往需要开放式的手术来去除滑液 (有些病人甚至需要重复手术)。
康复
感染在得到控制之后，医生可能会建议你进行轻度的运动来保持关节功能。适度的运动除了可防止关节僵硬及肌肉无力外，还能增加血流和循环，这些均有助于身体的康复。