百日咳的早期诊断可能比较难，因为它的早期症状与其他呼吸道疾病，如普通感冒、流感、支气管炎等很相似。
有时，医生通过询问症状和辨听咳嗽的声音，能够诊断出百日咳。为了进一步确诊，医生可能会进行下面的一些检查：
- 对鼻部或咽喉处的分泌物进行培养和检查： 即医生从患者的鼻部或咽喉处用棉签擦拭或吸取一点标本，然后送去实验室培养或是其他方法来检查是否有百日咳病细菌。
- 血液检查： 即抽取一点血液标本送检，查看白细胞的计数是否升高。白细胞用于帮助机体对抗包括百日咳在内的多种感染。因此，如果白细胞计数升高，提示体内存在感染或炎症 (虽然并不表示一定是百日咳)。
- 胸片： 由于百日咳可继发肺炎或其他呼吸道感染，因此医生可能会建议做一下 X 光胸片检查，以查看肺部是否存在炎症和积液。