有 30% 的生殖器疣能自愈，因此如果生殖器疣并没有引起不适，也可不用治疗。但如果你有瘙痒、灼烧感、疼痛等症状，或给你带来了心理上的苦恼，医生可以通过药物或手术帮你解决问题。但是潜在的病毒一般不能被完全清除，因此生殖器疣经治疗后仍有可能复发。
药物治疗
外用治疗生殖器疣的药物包括：
- 咪喹莫特乳膏： 这种乳膏能增强人体抗生殖器疣的免疫力。当皮肤涂有这种乳膏时，请避免性交，因为它能削弱安全套的强度，并可能会刺激你性伴侣的皮肤。
- 鬼臼树脂和普达非洛： 鬼臼树脂是一种植物树脂，能破坏生殖器疣的组织。这种溶液需要医生亲自来涂抹，以免因使用不当造成皮肤损害。普达非洛与鬼臼树脂的有效成分相同，但患者可以自行用药，不过首次涂用普达非洛多由医生亲自完成，然后他们会教你在使用时如何避免药物刺激周边皮肤的方法。普达非洛严禁内用。另外，这种药物在孕期不推荐使用。
- 三氯醋酸 (TCA)： 这种药物能把疣灼烧掉，但只能由医生来涂抹。
手术治疗
如果疣体较大，或对药物治疗无反应，或者怀孕情况下 (因分娩过程中胎儿会暴露于生殖器疣中)，那么需要手术去除生殖器疣。手术方式有：
- 液氮冰冻 (冷冻疗法)： 冰冻使疣周围形成水疱，在皮肤愈合过程中，这些损伤组织会脱落，取而代之新皮肤。冷冻疗法可能需要进行多次。
- 电烙术： 即通过电流灼烧掉疣。
- 外科手术切除： 即医生通过手术工具切除疣体，这种操作需在局部麻醉下完成。
- 激光治疗： 这种疗法借助一种强束激光起作用，较昂贵，用于病变广泛和难治性疣。
有些人会用一些民间偏方 (如芦荟、蓖麻油、醋等) 来治疗生殖器疣，但并没有证据表明这些偏方有效。