幼年类风湿关节炎被认为是一种自身免疫性疾病，也就是说它是因为人体的免疫系统攻击自身细胞和组织造成的。至于为什么会出现这种情况，目前还不是非常清楚，可能是遗传因素和环境因素一起作用的结果。

关节炎

研究人员发现，当病毒或细菌侵袭携带有某些基因变异的儿童后，可诱发他们出现类风湿关节炎。这些特定的基因变异可在部分患儿中检测到，有时作为诊断幼年类风湿关节炎的基因标记物。然而，并不是所有携带这些基因变异的儿童都会发生幼年类风湿关节炎，而未携带这些基因变异的儿童也可能患上该病。