扁桃体位于咽后方两侧 (见下图所指)，如果被病毒或细菌感染而变得肿胀和疼痛，称为扁桃体炎 (Tonsillitis)。它是儿童期的一种常见疾病。
扁桃体炎多数是由病毒感染引起的，在这种情况下，在家进行一些自我护理便可慢慢自愈。少数情况下，扁桃体炎由细菌感染所致，此时需抗生素治疗。在以前，对于反复发作的扁桃体炎，扁桃体切除术是常见的治疗方法。然而目前，只有当扁桃体炎反复发作或经其它治疗方法无法缓解时，才需要这种手术治疗。
引发扁桃体炎的病原体通常具有传染性。勤洗手是预防各种感染，包括扁桃体炎在内的最有效的方法。不要与别人共用水杯或餐具。不要与患者密切接触。同样，如果你生病了，也应为别人考虑。在家休息隔离几天，避免将病原传染给别人。咳嗽或是打喷嚏时，用手肘或是纸巾等挡一挡。