肛裂比较常见，通常不经治疗或只需做非手术疗法便可愈合。在两周内症状多可以缓解。如果裂口6到8周尚未愈合，则你可能需要进行手术治疗。对于婴儿，往往只需要勤换尿片，同时保持肛门区的清洁。
非手术治疗
如果改善生活方式、加强自我护理 (比如多吃富含膳食纤维的食物、多喝水、规律锻炼身体、服用通便药或偶尔用泻药) 并不起效，医生常建议进行以下非手术治疗：
- 涂抹药膏或栓剂： 医生可能建议在直肠内涂抹皮质类固醇或是含有氢化可的松的药膏，它们可以用来减轻炎症及缓解症状。
- 硝酸甘油软膏： 一些医生可能会建议你使用硝酸甘油乳膏涂抹肛门，它能扩张血管，增加裂伤处的血供，从而促进肛裂的愈合。硝酸甘油软膏还可以通过松弛肛门内的括约肌，缓解痉挛和减轻疼痛，这也有助于促进裂口愈合。使用硝酸甘油时剂量最好要小，以避免出现严重的副作用 (如头痛、低血压和头晕)。医生常建议病人在使用硝酸甘油后立即静坐或平躺，避免活动，以帮助减轻这些副作用。男性在服用治疗勃起功能障碍药物 (比如伟哥、西力士和乐威壮) 的24小时内不要使用硝酸甘油，因为两者合用后可能会大幅降低血压。涂抹软膏后应要把手彻底洗干净。
- A型肉毒素： 这种比较新的治疗方法是将A型肉毒素注射入肛门内的括约肌中。A型肉毒素可以使括约肌 “瘫痪” 长达几个月，从而缓解因肌肉痉挛所致的疼痛。这种疗法可能出现的副反应是暂时的、程度较轻的肛门失禁。
- 降血压药： 口服降血压药硝苯地平 (心痛定) 和地尔硫卓 (合贝爽)，或是将它们研磨成凝胶敷于裂伤处，也有一定的治疗效果。
手术治疗
如果慢性肛裂无法自然愈合，医生可能建议进行手术治疗。常用的手术是通过切除一部分的肛门内括约肌来缓解肌肉的痉挛和疼痛，促进肛裂的愈合。该手术常同时切除裂隙及其所导致的瘢痕组织。在罕见的情况下，切除了肛门内括约肌后可能出现排便的失控。