膀胱结石通常是因为尿液在膀胱内滞留过久造成的。这种尿液滞留的情况，又往往是由于一些潜在的疾病导致了膀胱无法完全排空引起的。这些潜在的疾病包括：
- 良性前列腺增生症： 前列腺增生是男性膀胱结石最常见的病因之一。增大的前列腺会挤压尿道，使得尿流不畅，从而引起尿液在膀胱内淤滞。
- 神经源性膀胱： 正常情况下，膀胱感受器根据膀胱中的尿液多少发出相关信息，通过神经传递给大脑，然后大脑作出反馈，指令膀胱平滑肌收缩或者舒张。如果这个神经通路被损坏，就会导致膀胱无法接收到正确指令，也就意味着膀胱往往不能完全排空，从而引发膀胱结石。
- 膀胱憩室： 它是指膀胱壁有一些薄弱区，它们呈囊袋状向外突出。有些膀胱憩室是先天性的，有些则是因为良性前列腺增生或其它影响膀胱排空的疾病引起的。如果有膀胱憩室，尿液会在那里滞留浓缩，形成结石。
- 膀胱炎症： 导致膀胱炎症的两个最常见的原因是尿路感染和盆腔区接受了放射治疗，它们均可引起膀胱结石。
在比较少见的情况下，置留的导尿管 (即从尿道插入膀胱的用于引流尿液的一根细小导管) 也可能引起膀胱结石。类似的，若其他异物置入膀胱中也可能引起结石。这是因为尿液中的矿物质容易在这些器械表面结晶聚集、形成结石。