严重的毛细支气管炎的并发症包括：
- 呼吸变得越来越费力
- 紫绀： 因为缺氧，皮肤颜色变得青紫或苍白，特别是在嘴唇周围。
- 脱水
- 乏力
- 严重的呼吸衰竭
如果出现上述情况，则需要尽快到医院进行住院治疗。如果有严重的呼吸衰竭，医生可能需要将一根导管插入到患儿的气管内以帮助呼吸，直到病情得到控制为止。如不进行治疗，严重的呼吸衰竭可能会有生命危险。
如果您的孩子是早产儿、或是有心肺疾病、或免疫系统有问题，那么您需要密切关注小孩的毛细支气管炎早期症状，因为感染可能会很快发展到比较严重的阶段，而且其它潜在疾病也很可能出现恶化。此时，患儿通常需要住院，以便随时观察患儿的症状变化并及时给予相应的治疗。
在少数情况下，毛细支气管炎可能会伴发其他的肺部感染 (比如细菌性肺炎)，这时需要对这两种不同的感染进行分别治疗。另外，初次感染呼吸道合胞病毒后还可能再次感染该种病毒，但是再次出现的感染其症状通常会较轻。毛细支气管炎的反复发作可能预示小孩以后会出现哮喘，但是二者之间的关系目前还不是非常明确。