儿童大便失禁主要的病因有两个：
- 便秘：大多数孩子的大便失禁是由于慢性便秘造成的。便秘时，孩子的大便又干又硬，排便时伴有疼痛。因此，孩子常常不想去厕所排便，这样往往会使情况更为严重。粪便滞留在结肠的时间越长，孩子排便就越困难，而且还会引起受累结肠的扩张，最终可能导致控制排便感觉的神经麻木。当结肠被干硬粪便填塞得太满时，水样稀便可从肠道溢出。
- 情感问题：情感和精神压力也可能诱发儿童的大便失禁，这包括孩子过早接受排便训练，或者经历重要的生活变化 (如父母离婚或是弟妹出生)，这些情况下他们会受到一些精神压力。
