治疗儿童大便失禁的关键是清除结肠内贮留的干结大便，然后鼓励孩子养成正常的排便习惯，如训练孩子在有便意的时候尽快去厕所排便。有多种方法可帮助清理肠道和缓解便秘，医生通常会建议下面的一种和几种方法：
- 服用大便软化剂，如乳果糖
- 使用结肠润滑剂，如矿物油
- 使用直肠栓剂
- 使用灌肠剂
- 多喝水
在清理结肠的过程中，医生可能会给孩子做腹部X片以检查结肠清理的进度。当结肠被完全清理后，一项重要的事情就是鼓励孩子从此养成有规律的排便习惯。另外还应该鼓励孩子多吃富含纤维的食物。如果儿童大便失禁比较严重，医生还可能建议服用半年到一年的大便软化剂。
如果你的孩子因大便失禁而感到羞耻、内疚、抑郁或是自尊心受挫，应进行适当的心理辅导。心理学家可以帮助孩子处理这些情绪问题，还可能会提醒家长要多关注小孩的心理健康以及教授相关的技巧。