目前对于绝大部分的肝癌病例，一般都无法找出明确的病因。只有少数的可以推知其病因，比如，某些肝癌可能是因长期的肝炎病毒感染导致的。
肝癌的发生是因为肝细胞中的基因 (DNA) 出现了突变。DNA 是一种遗传物质，相当于人体生命过程的蓝图或指令。当 DNA 发生突变后，会改变这些指令。可能的一个结果就是导致细胞生长和繁殖失控，最终形成肿瘤。
肝癌的类型
根据发生癌变的细胞种类不同，肝癌可分为几种类型：
- 肝细胞癌：这是原发性肝癌中最常见的类型。它始发于肝细胞 (肝脏中最主要的细胞类型)。
- 胆管癌：这种类型的肝癌始发于肝脏中的胆道或胆总管等处，有时也称为胆道癌 (见下图)。
- 肝母细胞瘤：这种罕见的肝癌一般只发生在4岁以下的儿童中，绝大多数可以被成功治愈。
- 血管肉瘤：这些罕见的癌症始发于肝脏的血管中，它生长非常迅速。