消化性溃疡的治疗和胃炎的治疗类似，因此具体治疗方法请参见 “胃炎治疗”。
有些消化性溃疡，治疗后不愈合，称为难治性溃疡。溃疡不愈合的原因有很多，如：不按医嘱服药；某些类型的幽门螺杆菌对抗生素耐药而导致抗生素无效；经常吸烟、饮酒或服用非甾体类抗炎药等。而其它比较罕见的原因还有：
- 胃酸极度分泌
- 有别于幽门螺杆菌的其它感染
- 患有胃癌
- 患有其它消化性疾病
一般来说难治性溃疡的治疗策略就是去除影响溃疡愈合的因素，同时加大药物剂量。有时还需联合服用其它药物。另外，手术也是一个选择，但它只适用于对强有力的药物治疗无效的溃疡。
