- 外放射： 类似放射性碘治疗，外放射使用放射性来杀死癌细胞。在该项治疗的后期您可能会感到非常疲劳，且治疗区域的皮肤可能会发红以及有触痛。另外，在外放射治疗过程中，您也可能出现声音嘶哑或者吞咽困难。
- 化学治疗： 化学治疗是指使用药物来杀死已经播散至身体其它部位的癌细胞。它可以用于治疗某些甲状腺癌，如对放射性碘治疗不敏感的甲状腺髓样癌。化学治疗也可以使用于甲状腺未分化癌 (即甲状腺癌中侵袭性最强，生长最快的那个类型)，这是因为未分化癌在发现的时候通常已经难以通过手术来进行治疗了。放射治疗或化学治疗可能可以使这种肿瘤稍微缩小以减轻您的不适。
如果肿瘤还没有播散，则手术以后的预后会非常好。对于年轻的患者，如果治疗正确，则乳头状瘤和滤泡状瘤均可以获得 97% 以上的治愈率。如果肿瘤已经播散至其它的器官，治疗方法的选择有赖于许多因素，包括肿瘤的大小、生长速度、播散范围等。例如，对于肝、肺或骨上的小的转移性肿瘤医生可能会选择不予切除，因为这些肿瘤往往生长缓慢且在数年内通常不会引起任何症状。相反，大的或者生长快速的肿瘤则需要行手术或者其它的治疗。在这种情况下，您可以和医生一起决定最好的治疗方法。
甲状腺癌在治愈后可能会复发，尽管复发率较低。因此您需要定期接受血液检查以监测甲状腺球蛋白的水平，因为这种蛋白水平的提高提示肿瘤可能出现了复发。另外，您还需要接受颈部超声等影像学检查，以及其它可以帮助医生判断是否出现了肿瘤复发的检查。
