甲状腺癌的治疗通常包括下面的一种或多种：
- 手术： 手术是甲状腺癌的主要治疗方法。大多数医生使用甲状腺次全切除术，它实际上切除了几乎全部的甲状腺，除了保留甲状旁腺周围的少许甲状腺组织 (这是为了防止损伤甲状旁腺)。如果有甲状腺癌扩散所致的淋巴结肿大，手术范围可能还需要扩大至清除受累及的淋巴结。对于有经验的外科医师来说，手术的风险较低，且术后肿瘤复发或转移的几率较小。手术的最大风险是意外的神经损伤。这种损伤可以导致嗓音的永久破坏，但是一般很少发生。另外一种可能的风险是甲状旁腺的损伤，其可以导致血钙水平降低。
- 甲状腺激素治疗： 在任何甲状腺癌手术以后您都需要终身使用甲状腺激素 (左旋甲状腺素) 药物治疗。这有两个好处：它可以补充术后缺失的甲状腺激素，还可以抑制垂体分泌 TSH。TSH 可以促使甲状腺生成激素，因此高水平的 TSH 可能会刺激任何残留癌细胞的生长。在甲状腺激素治疗过程中，您需要每隔数月检查血液中甲状腺激素水平，直至医生为您找到最合适的用药剂量。激素水平过高会导致意外的体重下降、心悸、震颤、骨质疏松和肠活动亢进，而过低则可能会导致体重增加、对寒冷敏感、皮肤和头发干燥等。
- 放射性碘治疗： 手术以后可以使用小剂量的放射性碘以进行甲状腺扫描。这种扫描可以发现已经播散的甲状腺癌细胞。随后可以使用大剂量的放射性碘以破坏任何已经播散至甲状腺以外的甲状腺癌细胞，这是因为放射性碘主要被甲状腺组织 (包括甲状腺癌细胞) 吸收，所以身体其它部位很少受到影响。放射性碘治疗不适合得髓样癌的人，这是因为髓样癌源于甲状腺C细胞，而甲状腺C细胞不会吸收碘。
