绝大多数甲肝会在1-2个月的时间里完全恢复正常，不会导致永久性的肝脏受损。而且，一旦治愈，病毒将会从体内彻底被清除。不过，对于老年患者，以及合并有其他疾病的人，比如慢性充血性心衰、糖尿病、贫血等患者，甲肝的病程可能会更长，病情也可能会更严重。
在比较罕见的情况下，尤其是慢性肝病患者或者做过肝移植的人，甲肝可能进展为爆发性肝炎，就是我们所说的重症肝炎 (见下图)。它通常以急性黄疸型肝炎起病，病情在10天内迅速恶化，并出现下列症状：黄疸迅速加深、有明显的出血倾向、肝萎缩、烦躁、谵妄、嗜睡以至昏迷、尿少等。患者常合并消化道出血、脑水肿、感染及急性肾功能衰竭而死亡。病程一般不超过10～14天。
另外， 有些研究显示，甲肝诱发的肝脏炎症可能会增加胆固醇在动脉壁上的沉积以及动脉粥样硬化的风险。