每当你呼吸时，空气通过支气管进入肺部。在肺里，支气管又分为小的细支气管，最终分为许多微小的气囊，叫做肺泡。肺泡壁上有许多小的毛细血管，在这里进行氧气和二氧化碳的互换，即氧气进入血液，二氧化碳被排出。
在正常情况下，肺泡是很有弹性的，呼吸时就像小气球一样能自如扩张和收缩。但在间质性肺疾病中，位于肺泡周围并起着支持作用的肺组织 (间质) 逐渐增厚，发生瘢痕化或纤维化。这会导致原来很薄的肺间质增厚变硬，使得呼吸变得困难，氧气进入血流也变得更加困难。
间质性肺疾病中的瘢痕化一般是起因于肺组织发生了损伤或炎症，随后触发异常的愈合过程。在正常情况下，身体修复损伤组织的过程是受严格控制的。但是在间质性肺疾病中，修复的过程发生了偏差，产生了过量的瘢痕组织，从而对肺功能造成越来越严重的影响。
由于间质性肺疾病的病因很多，想查找引起肺组织损伤的初始原因往往比较困难。在众多可能的病因中，常见的有：
- 职业和环境因素：长期接触一些毒物或污染物会引起严重的肺损伤，尤其是经常吸入二氧化硅粉尘、石棉纤维或重金属粉尘。另外，经常接触某些化学烟尘、氨水或氯气的人也属于高危人群。
- 感染：这些感染包括某些病毒感染 (例如巨细胞病毒的感染，如果你的免疫力比较低，后果会更加严重)、细菌感染 (例如肺炎)、真菌感染 (例如组织胞浆菌病) 以及寄生虫感染。它们都可能导致间质性肺疾病。
- 接触过放射线：有些接受过肺癌或乳腺癌放射治疗的患者，在将来可能会出现肺部受损的症状。
- 药物：有些药物会损伤肺组织。这些药物包括化疗药物、治疗心律失常和其他心血管疾病的药物、某些治疗精神病的药物、以及某些抗生素。
- 其他疾病：间质性肺疾病有时会与其他一些疾病共同发生。这些疾病包括狼疮、硬皮病、类风湿性关节炎、皮肌炎、多发性肌炎、干燥综合征和结节病。
尽管医生可以明确有些间质性肺疾病患者的病因，但是大部分的病因可能查不出来。这些无法查明病因的间质性肺疾病一般归类为特发性肺纤维化或特发性肺间质疾病。其中最常见的表现为肺部病变呈斑片状，有些部位的肺组织仍是正常的，有些已经出现了炎症，还有一些已经发生了纤维化。这种间质性肺疾病一般发生在大于50岁的人群中。