有许多原因可导致肠梗阻。根据发生梗阻的部位是在小肠还是结肠，病因一般会有所不同。
“机械性” 肠梗阻往往是因为某些东西梗阻了肠道，例如疝气或肿瘤。这种肠梗阻可以是部分性的，也可以是完全性的。麻痹性肠梗阻是因肠道功能异常引起的假性肠梗阻，它的症状可能与机械性肠梗阻类似，但是并没有什么东西真的阻塞了肠道。
小肠的机械性肠梗阻
发生在小肠中的机械性肠梗阻常常是由下列原因引起的：
- 疝气：疝气是指你的部分肠组织突出而进入身体的其他部位 (见下图左上)。如果这种疝气导致部分肠道被卡住，就会发生肠梗阻。
- 肠粘连：这种腹腔内纤维组织的粘连可能在出生时就存在 (即先天性的)。但是，更常见的是在腹腔手术后发生的。肠粘连可以将你的部分肠子粘在一起，使食物、液体无法通过 (见下图右上)。
- 肿瘤：小肠中的肿瘤可以阻止食物和液体的通过，发生梗阻。
上述的肠粘连、疝气和肿瘤大约占了小肠机械性肠梗阻病因的 90%。其他不太常见的病因包括：
- 肠道发生扭转 (见下图左下)。
- 部分肠道被套在一起 (即肠套叠，见下图右下)。
- 胃的出口变窄。
- 由克罗恩病引起的肠道炎症或疤痕化。
结肠的机械性肠梗阻
相对于小肠来说，发生在结肠中的机械性肠梗阻要少见得多。只有 10-15% 左右的机械性肠梗阻发生在结肠中。肠粘连和疝气很少会引起结肠肠梗阻。绝大多数结肠的机械性肠梗阻是由下列原因引起的：
- 癌症。
- 结肠发生扭转。
- 憩室炎：憩室是肠道中的小囊状结构 (见下图)。当它们发炎或受感染时，会导致肠梗阻。
其他不太常见的病因包括：
- 肠套叠。
- 粪便阻塞。
- 结肠缩窄。
- 不小心吞下去的某些异物阻塞了结肠。
麻痹性肠梗阻
麻痹性肠梗阻可引起与机械性肠梗阻类似的症状。在该病中，虽然肠道没有被阻塞，但是它无法发挥正常的蠕动功能，即肠道的蠕动明显减弱甚至消失。这样，就无法让食物和液体在肠道中通过或排出。
麻痹性肠梗阻可以影响肠道的任何一部分。引起麻痹性肠梗阻最常见的原因是腹部手术。在腹部手术刚刚结束后，肠道一般都无法正常运动。这个时候，人体往往需要依赖鼻胃管或静脉输液来获取营养，直到肠道恢复功能为止。