及时诊治静脉血栓栓塞 (包括肺栓塞和深静脉血栓) 非常重要，以避免严重并发症甚至死亡的发生。
救治时，医生首先会对病人进行静脉或皮下注射速效的抗凝药物肝素，其起效迅速，可阻止现有血栓增大以及新血栓的形成。医生还可能会使用另一种抗凝药华法林，它也能阻止血栓形成，但起效比肝素慢。一般情况下，两种药必须重叠使用至少5天，直到单用华法林能有效抑制血栓形成为止。
最初的血栓溶解后，你可能还需要继续服用抗凝药，具体的服药期限由病人各自的病情决定。如果你患有会显著增加肺栓塞风险的慢性基础病，也许此后要长时间服用这类药物。一般情况下，抗凝药需至少服用3-6个月。
像所有药物一样，抗凝药也是一把 “双刃剑”。肝素和华法林能减少血栓的形成，但同样也干扰了正常的凝血过程，因此会增加出血的风险。这类并发症大多较轻，比如牙龈出血等，但有些并发症却很重，甚至危及生命。如果你在服用华法林，医生一般会建议你做定期的血液化验来评估药物的效用及安全性。
在接受抗凝药治疗期间，应避免使用阿司匹林 (除非你患有心脏病以及在医生同意的情况下)。其它非甾体类抗炎药，如布洛芬，也能影响机体的凝血功能，也要尽量避免使用。由于有100多种药物，其中包括非处方药和中草药，都能与抗凝药物相互作用，所以在服用抗凝药物的时候，一定要让医生知道你正在服用的其它药物。
当肺栓塞有致命危险时
如果肺栓塞面积很大，或伴有恶化的心肺疾病，或常规治疗无效时，可选择以下治疗方法：
- 溶栓治疗： 尿激酶、组织纤维蛋白酶原激活剂 (阿替普酶) 等药物，并非只是简单地抑制血栓形成，而是通过激活一种能溶解血栓的酶 (通常被称为 “溶栓剂”)，达到溶解血栓的目的。需要指出的是，怀孕、近期有过中风、严重高血压、10天内有过手术史的人不适于使用溶栓药物，这是因为溶栓药会大大增加出血风险。出血可见于机体的任何部位，如刷牙时牙龈出血、近期的伤口、针刺处、消化道等部位。某些部位的出血是致命的，尤其是颅内的出血。
- 静脉滤器： 为了避免从下肢和骨盆产生的血栓流入右心，进而栓塞肺动脉，医生可以在病人的腹部大静脉 (下腔静脉) 里放置滤器。医生通常将滤器安装在导管的头端，然后经腹股沟和颈部的静脉插入导管。
