仅仅切除不典型增生组织 (即 “消融治疗”) 可能有助于逆转巴瑞特氏食道症的疾病进展、以及预防食管癌的发生。尤其当病人不适于做食管切除术时，消融治疗联合服用质子泵抑制剂可能是最佳的治疗方案。消融治疗方法有多种，包括：
- 光动力学疗法： 首先在患者体内注射一种叫做卟非而钠 (光卟啉) 的药物，其可增强巴瑞特氏细胞对光的敏感性。然后在患者的食管内放置一种特异性的光源，该光源和药物光卟啉会发生反应，从而摧毁巴瑞特氏细胞。
- 电烙术： 将一根电线插入患者的食管中，然后通电来烧毁不典型增生的细胞。
- 激光疗法： 使用激光来摧毁巴瑞特氏细胞。
- 氩气胞浆凝结法： 在食管中同时使用氩气和电流来烧毁不典型增生的组织。
- 内窥镜下粘膜切除术： 在内窥镜的帮助下，医生将生理盐水注射至不典型增生的食管区，使其在异常细胞的下方形成水泡，这便于医生切除或抽吸病变区域中的异常组织，而不损伤食管的其它部分。医生常建议在进行此项手术之后再接着做光动力学治疗，以达到更好的治疗效果。
- 射频消融： 在该手术中，医生先将一个微摄像头和小气囊置入食管中，以帮助医生测量食管的大小以及需要治疗区域的长度。然后，医生插入与治疗区域大小相匹配的第二个气囊。这个气囊能射发短脉冲能量来摧毁不典型增生的组织。射频消融是相当新的技术，目前尚在研究中。研究显示，70% 以上的患者在进行射频消融治疗后长达12个月内未见新发的异常增生细胞。这种手术可能带来的并发症主要包括食管穿孔 (破裂) 和变狭窄。
目前，各种消融疗法对长期预防癌变的效果还在研究之中。