由于巴瑞特氏食道症没有特异性的症状，诊断往往很困难。如果你经常出现比较严重的胃酸返流和其他胃食管返流症的症状，则提示你可能已经患上巴瑞特氏食道症或有患该疾病的风险。
如果你患有严重或是长期的胃酸返流，医生可能通过内窥镜检查你的食道来判断是否有巴瑞特氏食道症。内窥镜检查是把一个顶部带有摄像头的可弯曲的管子 (即内窥镜) 从口腔插至食管和胃进行观察。医生在检查时通常会给病人以局部麻醉，有时还可能使用镇静剂让病人在睡着的情况下作检查。
内窥镜检查可以让医生发现诸如癌变前期细胞的改变 (即 “不典型增生”) 或胃食管间的异常连接等异常征象。在健康者的食管中，胃食管的粘膜交界点位于食管的末端。而在巴瑞特氏食道症患者中，该交界点往往上移。医生一旦怀疑你患有巴瑞特氏食道症，他 (她) 还会进一步寻找癌变或癌前期病变的证据。
在内窥镜检查时，医生还可能会在可疑异常区域摄取一点组织样本，然后在显微镜下进行观察 (即活检)。如果医生在样本中发现在正常食管中不常见的肠化杯状细胞，则基本上可以断定你患有巴瑞特氏食道症。
明确诊断后，医生会建议你定期做内窥镜检查，以便及时发现可能进展为癌症的细胞改变。医生通常建议病人在确诊患有巴瑞特氏食道症后一年左右做内窥镜复查，若未见 “不典型增生”，以后每3年做一次内窥镜检查。如果组织样本显示 “不典型增生”，则定期检查的时间间隔需要缩短，至少每年1次，有些病人可能需要每3个月一次。