由 CA16 型病毒引起的手足口病是一种病况不严重的疾病，并且几乎所有的病人无需治疗在7~10天内就会痊愈。它最常见的并发症就是脱水。另外，因为这种疾病能导致口腔和咽喉溃疡，使得吞咽疼痛和困难。在孩子患病期间，应该密切关注孩子并保证他们摄入足够量的水。如果脱水十分严重，那就需要进行静脉点滴 (IV)。在非常罕见的情况下，CA16 病毒感染可以导致脑膜炎。如果出现这种情况，病人会发烧、头疼、颈强直或背部疼痛，并且可能需要住院几天。
由 EV71 引起的手足口病则更严重，更有可能引发高烧、病毒性脑膜炎、肺水肿、出血、脑炎或脊髓灰质炎样麻痹等并发症。其中的一些并发症可能具有致命性。详见最后一节 “EV71肠道传染更多信息”。