治疗手足口病没有特效药。因为它是病毒性感染，所以抗生素不起作用。如果没有其它并发症，这种疾病往往只能任其自然。为了有助于减轻不适病况，医生通常会建议：

  • 多休息
  • 摄入足够量的流体： 患病的小孩可能更容易接受奶类乳基饮料，而不是酸性饮料 (例如果汁或汽水)。
  • 如果需要，可使用非处方的止痛药和退烧药，如退热净或布洛芬。

手足口病的症状通常在7~10天内完全消失。医生能够治疗并发症，但是必需等到确认是哪一种并发症出现才能进行治疗。在小孩患病时要留心可能的并发症 (包括高烧)，一旦出现，马上就医。