EV71 是导致手足口病的病因之一，但是它是一种更为严重的类型，因为它会引起一些可能致命的并发症，如高烧、脑膜炎 (大脑内层发炎)、急性无力肢体麻痹 (类小儿麻痹症)、延髓和脑干脑炎、传染性神经元炎、快速致命性肺水肿和出血。在2 岁以下孩子中最常见的并发症是麻痹，2~5岁孩子中最常见的并发症是脑膜炎。从感染病毒到发病通常大约是3~5天。发烧过后，通常在1~3天后就可能出现脑膜炎，但是麻痹通常在病毒感染后的10~30个小时内就可能出现。
1998年，台湾地区发生大规模 EV71 疫情。报告病例129106例，其中重症病例405例，这些重症病例的死亡率 19.3%。所有死亡孩子的年龄都不到5岁。在尸检中发现，EV71 病毒已经侵入到脊髓中。这些孩子送入医院时，他们已经高烧有2~4天了。一旦小孩病况达到这种程度，那么在24小时内就会死亡。在台湾的疫情中死亡的孩子几乎都是死于肺水肿和出血，或者死于脑干脑炎。
对于严重的 EV71 传染病，目前还没有有效的抗病毒药物，疫苗也还没有开发出来。医生也只能等着症状出现然后再根据症状展开治疗。好的卫生习惯是预防这种疾病传播的一种最有效的方式。用肥皂和水彻底地清洗手部至少15秒钟，然后把手完全弄干。有 EV71 并发症的孩子应该和其他小孩子隔离开，直到他们的排泄物中没有病毒。
