因为肠缺血的症状与其他很多疾病类似，比如溃疡、胃癌、胰腺癌和结肠癌，因此，在诊断肠缺血时，医生往往需要进行比较彻底的医疗评估。取决于你的症状，医生可能会建议以下的一些检查：
- X-线：它可以显示身体的内部器官。
- 超声：它可以帮助确定体内的血流是否减少。如果是，则有慢性肠系膜缺血的可能性。
- 内窥镜：即将一个顶部带有摄像头和光源的可弯曲管子 (内窥镜) 从口腔插至食管、胃和十二指肠进行观察。医生在检查时通常会给病人局部麻醉，有时还可能使用镇静剂让病人在睡着的情况下作检查。
- 乙状结肠镜：在这项检查中，医生通过一根纤细的、有光源的管子直接观察你的直肠和乙状结肠 (大约是结肠的末端60厘米)。在做乙状结肠镜检查时病人会有些不舒服。另外，它有导致结肠穿孔的风险，但是它的风险比结肠镜检查要小。
- 结肠镜：它和乙状结肠镜检查类似，只是所用的仪器 (即结肠镜) 是一根更长的纤细管子，并与摄像机和控制部分相连，因此医生可以通过它检查你的直肠和整个结肠。结肠镜检查需要大约半个小时。为了使你在检查过程中不难受，医生可能会对你进行轻度麻醉。结肠镜检查也可能导致结肠壁出血或穿孔。
- 血管造影术：在进行这项检查时，医生使用一根细长的导管通过腹股沟动脉进入主动脉，然后通过导管注入一种染料 (X-线造影剂)，这可以让X-线更清晰的显示出你的肠动脉。血管造影术虽然是一种微创检查，但一直被认为是诊断肠系膜缺血的标准检查。它的一个优点是可以让医生通过导管在检查的同时直接去除血凝块，以改善肠道血流。不过，随着其它创伤性更小的新技术的出现和普及，比如电脑断层扫描 (CT) 和磁共振血管成像 (MRA)，血管造影术现在使用的越来越少了。
- 电脑断层扫描 (CT)：这种X-线检查能显示身体的断层，因此比传统的X-线能更详细更清晰的看清身体的内部器官，包括部分肠动脉的图像。
- 磁共振血管造影 (MRA)：这项非侵入性的新技术采用磁场和无线电波成像，可以清晰显示你的肠道血流情况。它的检查结果可用于指导进一步的检查 (如血管造影) 和治疗。
- 探知手术：在某些情况下，尤其是当医生怀疑你患了急性肠系膜缺血时，他可能会进行“探索性的手术检查”，即切开腹部直接检查。如果确实是急性肠系膜缺血，就可以立即进行治疗。之所以这样做，是因为急性肠系膜缺血属于医疗急诊，需要快速诊断和治疗。当然，是否采取这种探知手术，取决于医生对病情的判断和其它检查的结果。
针对不同类型的肠缺血，医生一般会选择不同的诊断方法，比如：
- 结肠缺血：这种肠缺血通常通过结肠镜或乙状结肠镜检查来诊断。
- 急性肠系膜缺血：这种肠缺血通常通过临床症状、血液检查、腹部X -线、超声、血管造影或探知手术来诊断。
- 慢性肠系膜缺血：这种肠缺血通常通过临床症状、血管造影、是否有其它肠胃疾病来确诊。
- 由肠系膜静脉血栓导致的缺血：这种肠缺血通常通过 CT 扫描和检查是否有血液凝固问题来诊断。