在诊断时，医生一般会询问症状，并且进行体格检查。如果你的孩子有腹部肿块，且伴有间断性的腹痛或难以安抚的啼哭，医生会怀疑是肠套叠或是其它类型的肠道梗阻性疾病。儿科医生可能还会进行血检、尿检以及粪便潜血的检查，以查看便中是否带血。
为了确诊肠套叠，医生还可能会建议另外一些检查，包括：
- 腹部 X-光或是其它的影像学检查： 腹部的影像学检查，包括X-线、超声或者 CT 扫描，能显示肠套叠所导致的肠道梗阻。腹部影像还可显示肠道是否已经穿孔。
- 空气或钡灌肠： 空气或钡灌肠主要用于结肠X-线显像。医生通常首先选用空气灌肠，必要时才用钡剂灌肠。在灌肠操作时，医生将空气或是液态钡剂 (Barium liquid) 经直肠灌入结肠，这可让 X-线显示的图像更清晰 (见下图)。有时空气或是钡剂灌肠本身就可以使肠套叠恢复，而不再需要进一步的治疗。值得注意的是，如果肠道已经发生了穿孔，那就需要禁止进行钡剂灌肠。
