脑膜炎通常是由病毒感染引起的，但也可能因细菌感染，或者更为少见的真菌感染引起。由于细菌性脑膜炎的危害最大，因此明确病原菌类型对选择合适的治疗方法非常重要。
细菌性脑膜炎
急性的细菌性脑膜炎一般是细菌经血液循环侵入大脑和脊髓后引起的。在比较少见的情况下，细菌性脑膜炎也可能因细菌直接侵入脑膜 (比如耳道感染、鼻窦炎或颅骨骨折等) 而引起。
有多种细菌可以引起急性脑膜炎，最常见的有：
- 肺炎链球菌：除了脑膜炎外，该细菌也可引起肺炎、中耳炎和鼻窦炎。肺炎链球菌性脑膜炎与耳道感染经常同时发生，在这种情况下，往往不容易弄清除到底是哪种感染先发生的。
- 脑膜炎奈瑟氏菌：这是另外一种主要的脑膜炎致病菌。它一般先引起上呼吸道感染，然后通过血液循环扩散至脑部。这种脑膜炎具有高度的传染性，可能会引起局部流行。
- 流感嗜血杆菌：这种细菌引起的脑膜炎通常发生在上呼吸道感染、中耳炎或鼻窦炎之后。近年来，由于针对这种细菌的疫苗得到了广泛使用，该类型的脑膜炎已经大大减少了。
- 李斯特菌：该细菌可存在于任何地方，如土壤、灰尘、污染的食物等。很多野生的动物或家畜也可能携带该细菌。幸运的是，绝大多数的健康人群接触到这种细菌后不会生病，但孕妇、新生儿和老年人比较容易被感染。另外，李斯特菌能通过胎盘屏障，因此，如果在怀孕晚期感染上这种病菌，可能会导致胎儿死产或在出生不久后死亡。
病毒性脑膜炎
病毒性脑膜炎的发病率要远远高于细菌性脑膜炎，但它的病情通常比较轻微，而且一般能在两周内自行缓解。最常见的致病病毒是肠道病毒。在这种病毒引起的脑膜炎中，最常见的症状包括皮疹、咽喉痛、关节酸痛和剧烈的头痛。很多大龄儿童和成年患者描述这种头痛是“这辈子最痛的”。该病毒多在夏末秋初流行。另外，腮腺炎病毒、疱疹病毒以及西尼罗河病毒等也可能引起病毒性脑膜炎。
慢性脑膜炎
当生长缓慢的病原体侵入脑膜以及大脑周围的脑脊液时，可能会引起慢性脑膜炎。这种脑膜炎比较罕见，其病情一般是逐渐进展的，这个过程可长达4周，甚至更长。尽管如此，慢性脑膜炎的症状与急性脑膜炎类似，也会出现头痛、发热、呕吐、意识模糊等。
真菌性脑膜炎
真菌性脑膜炎相对来说并不多见。隐球菌性脑膜炎是真菌性脑膜炎中最常见的一种，它主要发生在有免疫缺陷的患者身上，比如艾滋病患者。如果不进行抗真菌治疗，患者可能会有生命危险。
脑膜炎的其他病因
并不是所有的脑膜炎都是因感染引起的。药物过敏、某些类型的癌症以及狼疮等炎症性疾病也可以引起脑膜炎。