轻度抗生素相关性腹泻不太可能引起长期的问题。但是，伪膜性肠炎可以导致有生命危险的并发症，包括：
- 肠穿孔： 它是由于大肠内膜被严重破坏所致。肠穿孔最大的风险就是肠道里的细菌扩散出来感染腹腔，引起腹膜炎。
- 中毒性巨结肠： 是指大肠没有排气排便的能力，从而导致结肠严重扩张 (即巨结肠)，其症状包括腹痛腹胀、发热、虚弱，甚至神志不清、定向障碍等。若不治疗，结肠就可能破裂，导致结肠里的细菌扩散到腹膜腔。结肠破裂有时会致命，需要急诊手术。
- 脱水： 严重腹泻会使你的身体失去大量的水分和电解质，其症状包括口干、极度口渴、少尿或无尿、极度虚脱等。严重的体液流失还可能导致癫痫发作和休克。
