如果你只是轻度腹泻，在抗生素治疗结束后的几天至两周的时间里就会好转。同时，医生会建议你喝足量的水以预防脱水，吃容易消化的食物，避免辛辣、油腻、油炸等可能加重你症状的食物。如果腹泻比较严重，医生可能会停用抗生素治疗，直到你腹泻缓解为止。
万一发生非常严重的腹泻、肠炎或者伪膜性肠炎，就很有可能需要服用药物甲硝唑。如果甲硝唑效果不佳，或者你正处于孕期或哺乳期，则可以换用另一种药物万古霉素。不管是甲硝唑，还是万古霉素，两者对于治疗 “难辨梭状芽孢杆菌” (它是绝大多数伪膜性肠炎和许多严重抗生素相关性腹泻的致病菌) 都非常有效。万古霉素非常昂贵，因此通常只用于控制最难的病情，以及正在孕期和哺乳期妇女 (因为甲硝唑对胎儿及婴儿的安全性尚未通过验证)。
益生菌是指有益人体健康的细菌，类似于定居在人体消化道里的天然菌群。它们有预防和治疗抗生素相关性腹泻的作用。益生菌有液体和胶囊两种制剂。另外，有些酸乳酪 (即酸奶) 含有乳酸菌、嗜酸菌等 “好” 细菌，它们也有预防腹泻的作用，同时还能降低腹泻的严重程度。另外一种益生菌 (布拉酵母菌) 也显示出有一定的预防作用。