食管癌几乎可以发生在食管的任何部位。按照癌细胞不同的起源，食管癌可以分为：
- 鳞状上皮细胞癌 (简称鳞癌)：也称表皮样癌，它是最常见的食管癌类型，起源于食管内表面的鳞状上皮细胞。
- 腺癌：这种食管癌起源于食管下段 (靠近胃) 的腺体组织。
- 其他类型的食管癌：尽管鳞癌和腺癌是食管癌中最主要的两种类型，但食管上还可能出现其他类型的癌症，比如肉瘤、淋巴瘤、小细胞癌和梭形细胞癌等。另外，起源于乳房或肺的癌症也可以通过血流或淋巴系统扩散到食管。
人体内正常细胞的生长和分裂是井然有序的，这个过程由遗传物质 DNA 所控制。如果DNA受损而发生突变，一种可能的后果就是细胞的生长和分裂失去控制，以致于最终形成肿瘤。尽管目前还不知道食管癌的全部病因，但是已经鉴定出几种可能会引起 DNA 突变的因素。这些因素包括严重的酗酒、吸烟、长期的胃酸返流和辐射等。
有时，食管癌与某些罕见的疾病有关，包括：
- 食管蹼：这些薄的突出组织可以出现在食管的任何部位。有些蹼不会引起症状，但有些会引起吞咽困难。如果除了有食管蹼外，身体同时还有其他症状 (包括贫血，舌头、指甲、脾发生异常等)，则称为Plummer-Vinson 或Paterson-Kelly综合征。有这种综合征的患者发生食管癌的风险比较高。
- 食管贲门失弛缓症：在这种疾病中，因为食管缺乏正常的蠕动能力，再加上食管下括约肌无法正常地松弛，以至于食物不容易通过食管。贲门失弛缓症可能会增加患食管癌的风险，其原因还不清楚。
- 胼胝症：有胼胝症的人其脚底和手掌的皮肤过度增生。这是一种罕见的遗传性疾病。接近一半的胼胝症患者最终会出现食管癌。这说明这两种疾病可能有共同的基因缺陷。
